Auf dem Gebiet der Architektur gehört Prandtauer zusammen mit Johann Bernhard Fischer von Erlach und Johann Lucas von Hildebrandt zu den bedeutendsten Künstlern des österreichischen Barock. Während Fischer und Hildebrandt für den Wiener Hof und den Adel tätig waren, arbeitete Prandtauer vor allem für Klöster. Vom späten 17. Jahrhundert bis zu seinem Tod im Jahr 1726 erhielt er im nieder- und oberösterreichischen Raum nahezu alle großen Aufträge auf dem Gebiet des Klosterbaus.
1715 bezeichnete der Propst des Stiftes Dürnstein Prandtauer als führnemen (gemeint: vornehmen) Baumaister zu St. Pöltten, und vülleicht führnemsten in gantz Oesterreich – ein Hinweis auf den besonderen Ruf, den Prandtauer bereits zu Lebzeiten besaß.
Prandtauer war jedoch nicht nur Klosterspezialist, sondern hat auch zahlreiche profane Werke geschaffen. Er errichtete Schlösser, Garten- und Lusthäuser, Paläste und Bürgerhäuser, Stiftshöfe, Schüttkästen und Kelleranlagen zur Lagerung von Wein – ja sogar Brücken und Kasernen finden sich in seinem vielfältigen Werk. In der zweibändigen Monografie werden all diese Bauten im Katalogteil besprochen.
1660 geboren in Stanz in Tirol
1677 beginn der Maurerlehre bei Georg Asam in Schnann in Tirol
1680 Abschluss der Maurerlehre
1692 Kauf eines Hauses in St. Pölten, in dem er bis zu seinem Tod lebt
1693 erste Arbeiten am Augustiner-Chorherrenstift St. Pölten
1699 Beginn der Arbeiten am Stift St. Andrä an der Traisen
1702 Beginn des Neubaus der Melker Stiftskirche
1708 Tod des in Passau ansässigen Baumeisters Carlo Antonio Carlone. Prandtauer übernimmt dessen Position als entwerfender Baumeister im Stift Garsten und im Stift St. Florian.
1710 erste Arbeiten im Stift Kremsmünster
1711 Beginn des Umbaus der Klosteranlage von Melk
1714 Beginn des Neubaus des Stiftes Herzogenburg
1714/15 Umbauprojekte für das Stift Klosterneuburg
1715 Beginn des Umbaus von Stift Dürnstein
1726 gestorben in St. Pölten
Prandtauer und seine Frau Elisabeth Rennberger hatten drei Söhne und eine Tochter, die im Abstand von jeweils ca. zwei Jahren auf die Welt kamen. Der erstgeborene Sohn Hans Anton wurde am 2. August 1693 getauft. Franz Joseph wurde am 5. Mai 1695 und Maria Anna am 17. April 1697 getauft. Das letzte Kind, Hans Jakob, wurde am 21. Juni 1699 getauft und starb 1705 im Alter von nur 6 Jahren. Alle Taufen fanden in der St. Pöltener Augustiner-Chorherrenstiftskirche statt.
Franz Joseph, der zweitgeborene Sohn Prandtauers, besuchte die Hauslehranstalt im Stift Melk und im Melker Stiftshof in Wien und trat anschließend in das Augustiner-Chorherrenstift St. Pölten ein. Er trug den Ordensnamen Johannes, war ab 1721 auf verschiedenen Pfarren des Stiftes als Pfarrer bzw. Kooperator tätig und starb 1741 im Alter von 46 Jahren.
Prandtauers Frau Maria Elisabeth Rennberger starb im September 1720 und wurde auf dem (heute nicht mehr erhaltenen) Friedhof des Augustiner-Chorherrenstiftes bestattet. Einen Monat später zogen Prandtauers Tochter Maria Anna und deren Mann, der Bildhauer Peter Widerin, zu Jakob Prandtauer in das Haus Klostergasse 15. 1723 verlagerte Widerin auch seinen Bildhauerbetrieb in das Haus. Im Februar 1725 ließ Prandtauer die beiden als Miteigentümer ins Grundbuch eintragen.
Eineinhalb Jahre später, am 16. September 1726, starb Prandtauer im Alter von 66 Jahren; zwei Tage später wurde er in der Gruft der Augustiner-Chorherrenstiftskirche begraben (nicht mehr erhalten).